การหาขนาดของDNA

ตามปกติ DNA จะมีประจุเป็นลบ ดังนั้น DNA จะเคลื่อนเข้าหาขั้วบวกของสนามไฟฟ้า และ DNA ที่มีขนาดโมเลกุลใหญ่จะเคลื่อนที่ได้ช้ากว่า DNA ที่มีโมเลกุลขนาดเล็ก ทำให้ DNA ที่มีโมเลกุลขนาดเล็ก เคลื่อนที่ได้มากและอยู่ใกล้ขั้วบวก ส่วน DNA ที่มีโมเลกุลขนาดใหญ่จะเคลื่อนที่ไปได้น้อย จึงอยู่ใกล้ๆกับจุดเริ่มต้น ทำให้แยก DNA ขนาดต่างๆกันออกจากกันได้

    

    สารละลายที่มี DNA จะไม่มีสีจึงต้องอาศัยการย้อมสีเพื่อตรวจสอบ DNA ในเจลอิเล็กโทรโฟรีซิส ซึ่งนิยมใช้อิธิเดียมโบรไมด์ (ethidiumbromide) เป็นตัวย้อมโดยอาศัยการจับกับDNA และเรืองแสงฟลูออเรสเซนต์เป็นสีชมพูได้ เมื่อสัมผัสกับรังสีอัลตราไวโอเลต (ultraviolet)

    การหาขนาดของDNAสามารถทำได้โดยเปรียบเทียบกับโมเลกุลดีเอ็นเอมาตรฐาน (DNA marker; M) ซึ่งประกอบด้วยชิ้นDNAที่ทราบขนาดเป็นจำนวนคู่เบส (base pair; bp) จะทำให้ทราบขนาดโมเลกุลของDNAที่ต้องการศึกษา